Синдзюку задыхается от летнего зноя, но ещё сильнее — от грязи, что годами копилась в его тёмных переулках. Частный детектив Рё Саэба, известный как Городской охотник, получает заказ от загадочной женщины по имени Ами. Она просит найти своего пропавшего отца, учёного, который работал над секретным проектом в фармацевтической корпорации «Феникс». Рё, как всегда, берётся за дело, не подозревая, что это всего лишь верхушка айсберга. Вскоре выясняется: «Феникс» не просто производит лекарства, а проводит незаконные эксперименты с человеческой психикой, создавая биологическое оружие, способное стирать воспоминания и подчинять волю. Когда в дело вмешивается его напарница Каори Макимура, а также старые враги из мира якудза, ситуация выходит из-под контроля. Синдзюку превращается в поле битвы, где каждый прохожий может оказаться марионеткой, а каждый выстрел из кольта «Python» Рё — последней надеждой на правду.
Но чем глубже Рё погружается в расследование, тем сильнее тени прошлого смыкаются вокруг него. Оказывается, что за проектом стоит не просто корпорация, а его давний враг, которого он считал мёртвым. Этот человек, используя технологии «Феникса», хочет переписать историю самого Синдзюку, стерев память о преступлениях и превратив город в идеальный, но бездушный механизм. Рё сталкивается с мучительным выбором: спасти Ами, которая оказывается не просто клиенткой, а ключом к управлению оружием, или пожертвовать всем, чтобы не дать злу распространиться. В финальной схватке на крышах небоскрёбов, под проливным дождём, Городской охотник доказывает, что даже в мире, где стирают личности, есть место для тех, кто помнит, что такое честь и любовь. Каори, рискуя жизнью, помогает ему вырваться из ловушки, и вместе они уничтожают лабораторию, оставляя Синдзюку шанс на исцеление — пусть и ценой собственных ран.