Лондон, 1895 год. Шерлок Холмс приговорен к пожизненному заключению в тюрьме строгого режима «Ньюгейт» за преступление, которого не совершал. Инсценировка обвинения — дело рук профессора Мориарти, который наконец решил избавиться от главного препятствия на пути к мировому господству. Камера Холмса — сырой каменный мешок без окон, с решетками, вваренными в стены, и круглосуточным наблюдением. Но даже в этих условиях великий сыщик не теряет рассудка. Он замечает, что тюрьма — это идеальная система, где каждый заключенный и надзиратель — часть механизма, и любой сбой в этой системе можно использовать. Холмс начинает собирать информацию: кто из охранников берет взятки, у кого из заключенных есть доступ к кухне или мастерским, какие подземные ходы были заложены кирпичом еще в прошлом веке. Его единственный союзник — новый заключенный, мелкий карманник по кличке Крот, который оказывается не так прост, как кажется. Вместе они планируют побег, но каждый шаг Холмса отслеживает личный агент Мориарти, внедренный в штат надзирателей.
Побег начинается в ночь ежегодной инспекции, когда тюрьма гудит от суеты. Холмс использует свои дедуктивные методы, чтобы предсказать маршруты патрулей, и с помощью Крота подменяет ключи от камер. Но ловушка Мориарти срабатывает: оказывается, что побег был спланирован самим профессором, чтобы выманить Холмса на поверхность и убить без лишнего шума. Сыщик и его помощник пробираются через канализационные тоннели, где их ждут наемники с собаками. В финальной схватке на заброшенной барже на Темзе Холмс сталкивается с Мориарти лицом к лицу. Используя не только логику, но и грубую физическую силу, он заставляет профессора оступиться и упасть в воду. Выбравшись на берег, Холмс понимает, что его имя по-прежнему опорочено, а полиция Лондона уже объявила его в розыск за убийство охранника, которого на самом деле застрелил Мориарти. Теперь он не просто беглец, а изгой, вынужденный скрываться в трущобах Ист-Энда, чтобы собрать доказательства своей невиновности и нанести ответный удар по сети преступного гения, которая простирается от королевского двора до доков.
