Токийский залив сотрясает серия взрывов. Целью становится грандиозный фестиваль искусств, который собрал тысячи зрителей. Среди хаоса и паники Конан Эдогава замечает странную закономерность: разрушения выглядят не как случайный теракт, а как тщательно спланированная акция устрашения. Вскоре выясняется, что за атаками стоит загадочная фигура, называющая себя Палачом Зеро. Этот преступник не просто сеет смерть — он бросает вызов всей системе правосудия, оставляя на местах преступлений зашифрованные послания, адресованные лично Рей Фуруе, агенту ФБР, работающему под прикрытием в организации черных. Параллельно с этим в городе появляется таинственный детектив, который действует вне закона и чьи методы пугают даже полицию. Его лицо скрыто маской, а имя неизвестно, но он всегда оказывается на шаг впереди и Конана, и Фуруи.
Конан понимает, что Палач Зеро знает о нем больше, чем кто-либо другой. Преступник играет в сложную психологическую игру, заставляя юного детектива сомневаться в собственных выводах. Каждая новая улика ведет в тупик, а каждое разоблачение оборачивается ловушкой. В ходе расследования Конан сталкивается с темной стороной деятельности ФБР и вынужден пересмотреть свое отношение к Рей Фуруе, который, возможно, скрывает нечто большее, чем просто секретную миссию. Кульминация наступает на заброшенном нефтяном танкере, где Палач Зеро устраивает финальное представление. Вместо того чтобы убить своих врагов, он предлагает им сыграть в смертельную игру: спасти заложников, разгадав его главную загадку. Конан, используя дедукцию и помощь Ай Хайбары, выходит на след истинного вдохновителя. Им оказывается человек, которого все считали погибшим много лет назад — бывший коллега Фуруи, чья семья пала жертвой халатности спецслужб. Палач Зеро не стремится к мести, он хочет показать миру, что правосудие, которое вершат люди в масках, ничем не лучше преступности. В финальной схватке Конан не только предотвращает катастрофу, но и заставляет Палача Зеро взглянуть в глаза собственному прошлому, разрушив его циничную философию.