Третий сезон «Риннэ: Меж двух миров» начинается с того, что Риннэ Рокуудо, полупризрак-получеловек, пытается свести концы с концами, но его привычная рутина нарушается. В мире духов назревает необычная аномалия — границы между мирами истончаются, и призраки начинают просачиваться в мир живых не поодиночке, а целыми волнами. Риннэ, Сакура и их друзья из клуба расследований паранормальных явлений сталкиваются с новым типом духов: те, кто не желает перерождаться, а наоборот, стремятся закрепиться в мире людей, питаясь их эмоциями. Вдобавок появляется таинственная фигура — загадочный коллекционер проклятий, который скупает самые опасные артефакты, способные разорвать связь между мирами. Риннэ подозревает, что за этим стоит кто-то из его прошлого, возможно, даже из семьи Рокуудо, которая славится своими темными делами.
Параллельно развивается личная драма: Сакура начинает замечать, что её способность видеть духов усиливается, и это пугает её — она видит не только призраков, но и тени будущих событий. Риннэ, пытаясь защитить её, всё чаще берётся за опасные задания в одиночку, что приводит к ссорам. В одном из эпизодов выясняется, что коллекционер проклятий — это бывший ученик дедушки Риннэ, который хочет воскресить древнего духа хаоса, способного стереть грань между жизнью и смертью. Риннэ приходится объединиться с Дамой, своим вечным соперником, и даже с отцом-мошенником, чтобы остановить катастрофу. Финал сезона — напряжённая битва на заброшенном кладбище, где Риннэ жертвует своим ценным косой, чтобы запечатать разрыв. Но последняя сцена намекает: дух хаоса не уничтожен, а лишь спит, и его пробуждение — лишь вопрос времени. Сакура, глядя на уставшего Риннэ, понимает, что их история далека от завершения, и что меж двух миров всегда будет тонкая, но хрупкая нить.