В центре сюжета оказывается необычная школьница по имени Ахарэн. Она тиха, молчалива и обладает совершенно уникальным, порой пугающим, восприятием мира. Её действия и мотивы для окружающих — настоящая загадка. Например, она может с невозмутимым видом носить с собой огромную каменную глыбу, считать рисование мелом на асфальте экстремальным видом спорта или заводить «дружбу» с невидимым существом, живущим в её ухе. Казалось бы, такой странной девушке будет сложно найти общий язык с кем-либо. Однако её одноклассник, добродушный и общительный парень по имени Рэйдо, видит в Ахарэн не просто чудачку, а интересного и искреннего человека. Он с неподдельным любопытством и терпением пытается понять её причудливую вселенную, становясь её первым и самым верным другом.
Их повседневная жизнь превращается в череду абсурдных, милых и трогательных ситуаций. Рэйдо выступает в роли проводника зрителя в мир Ахарэн, постепенно разгадывая логику её нелогичных поступков. Вместе они «спасают» застрявшую на дереве кошку с помощью философских рассуждений, соревнуются в поедании пудинга на скорость с полной серьёзностью олимпийских чемпионов или просто молча наслаждаются компанией друг друга. Сюжет не стремится к грандиозным конфликтам или драмам. Его очарование — в тёплом, неторопливом юморе и наблюдении за тем, как зарождается и крепнет самая невероятная дружба между двумя абсолютно разными людьми. «Непостижимая Ахарэн» — это уютная и добрая история о принятии чужой странности, о том, что для настоящего общения иногда не нужны слова, а для приключений достаточно просто быть рядом с тем, кто смотрит на мир иными глазами.
