Тихий район Токио, где цветёт сакура, кажется последним местом, где может начаться война. Харука Киномото, обычная старшеклассница, живущая с дедом, не подозревает, что её кровь — ключ к древнему барьеру. Всё рушится в день фестиваля, когда небо над городом разрывает алая трещина. Из неё выходят не монстры, а солдаты в форме Имперской армии Японии, но с пустыми, светящимися глазами. Они не стреляют — они стирают реальность. Касаясь зданий и людей, они превращают их в чёрно-белые чертежи, исчезающие с тихим звоном. Харука в панике бежит, но её находит странный юноша в старомодном кимоно с катаной. Он называет себя Синдзи и говорит, что она — последняя из рода хранителей. Пока он отбивается от солдат, его клинок не режет их, а запечатывает в лепестки сакуры. Харука понимает: этот мир — лишь копия, нарисованная поверх настоящего, и враги пришли стереть черновик.
Синдзи объясняет, что сто лет назад мир раскололся на две реальности. В одной остались люди, в другой — те, кто научился переписывать историю. Они — «Архитекторы», и их армия — «Корректоры». Они не хотят убивать, они хотят отредактировать само существование человечества, сделав его идеальным, но бездушным. Харука, сама того не зная, носит в себе «Ключ-Лепесток» — фрагмент оригинального мира, который не поддаётся редактированию. Теперь за ней охотятся не только Корректоры, но и тайная организация людей, которая готова уничтожить Токио, лишь бы ключ не достался врагу. Синдзи — дезертир из мира Архитекторов, уставший от бесконечных правок. Он учит Харуку видеть «швы» реальности — места, где мир был переписан. Вместе они пробираются через искажённые районы, где дома помнят, что были лесом, а люди — что когда-то умели летать. Но главный враг ждёт в центре города, где вместо неба висит гигантский чертёжный лист, и каждый день на нём появляются новые линии, стирающие целые кварталы. Харуке предстоит решить: позволить ли миру быть переписанным в идеал или оставить его несовершенным, но живым, даже если для этого придётся пожертвовать собой.