Второй сезон «Императорской наложницы» начинается с того, что Юй Чжэн, наконец, получившая титул благородной супруги, оказывается в ещё более шатком положении. Её влияние растёт, но вместе с ним множится и число врагов. Император, хоть и испытывает к ней искреннюю привязанность, вынужден балансировать между государственными делами и давлением кланов, которые видят в ней угрозу. В гарем прибывает новая наложница — дочь влиятельного военачальника, чья семья открыто претендует на место императрицы. Она умна, хитра и с первого дня объявляет Юй Чжэн войну, используя запрещённые приёмы: подставы с ядами, манипуляции служанками и даже попытки оговорить её перед императором. Параллельно Юй Чжэн узнаёт, что её давняя подруга, которую она считала погибшей, на самом деле жива и скрывается в отдалённом монастыре, но их встреча грозит раскрыть тайну, способную разрушить всё, что она построила.
Вторая сюжетная линия закручивается вокруг расследования заговора, уходящего корнями в прошлое императорской семьи. Юй Чжэн находит старые письма, указывающие на то, что предыдущая императрица была отравлена не случайно, а по приказу одного из нынешних министров. Пытаясь добыть доказательства, она сталкивается с предательством самого доверенного евнуха и теряет единственного союзника среди стражи. Император, подозревая неладное, начинает собственное расследование, но его действия лишь усугубляют ситуацию: заговорщики решают ускорить переворот. В финале сезона Юй Чжэн, рискуя жизнью, проникает в запретный архив, где её застаёт врасплох засада. Ей приходится сделать невозможный выбор — спасти нерождённого ребёнка или раскрыть правду, которая навсегда изменит баланс сил во дворце. Последние кадры показывают, как она, истекая кровью, передаёт свиток верному слуге, а император врывается в зал, видя лишь её бездыханное тело на холодном полу.
