Сенку Ишигами, гениальный юный ученый, и его верный друг Тайджу Оки, крепкий, но недалекий парень, оказываются в эпицентре катастрофы, которая навсегда меняет мир. Внезапный зеленый свет, вспыхнувший по всей планете, обращает в камень все живое. Сенку, успевший зафиксировать начало процесса, приходит в себя спустя 3700 лет, когда каменное оцепенение спадает. Он просыпается в мире, где от человеческой цивилизации не осталось и следа — лишь джунгли, одичавшая природа и статуи, хранящие в себе миллиарды людей. Первым делом Сенку находит Тайджу, чья невероятная физическая сила становится идеальным инструментом для воплощения научных идей. Вместе они начинают с нуля: добывают огонь, создают примитивные орудия, варят соль и сахар, шаг за шагом восстанавливая утраченные технологии. Но главная цель Сенку — не просто выжить, а возродить науку и с её помощью освободить всех людей из каменного плена.
Первый серьезный вызов возникает, когда они сталкиваются с деревней Цукасы, где выжившие люди живут по законам грубой силы. Цукаса, могучий воин, пробудившийся раньше других, придерживается радикальной философии: он считает, что современная цивилизация прогнила, и хочет построить новый мир, очищенный от «испорченных» взрослых. Он видит в Сенку угрозу, ведь наука способна вернуть к жизни всех, включая тех, кого Цукаса считает недостойными. Конфликт неизбежен: Сенку, вооруженный знаниями и логикой, против Цукасы, полагающегося на физическое превосходство и интуицию. Эпизод 0 закладывает фундамент этого противостояния, показывая, как Сенку, используя подручные средства и смекалку, создает первую батарею, запускает производство антибиотиков и готовится к решающей схватке, исход которой определит, по какому пути пойдет возрожденное человечество — по пути чистого выживания или по пути научного прогресса.