Синдзи Хаята, обычный на первый взгляд молодой человек, ведёт двойную жизнь. Он — наследник легендарного Ультрамена, но сам не помнит этого и не обладает его силой. Всё меняется, когда Токийский залив сотрясает появление гигантского монстра. В хаосе и панике Синдзи случайно оказывается в эпицентре битвы, и в нём пробуждается древняя сила. Он становится новым Ультраменом, но не тем героем из детских воспоминаний. Его тело само трансформируется в гигантского серебристого воина, и теперь он вынужден сражаться с чудовищами, которые появляются одно за другим. Однако правительство, а именно спецотряд SSSP, уже давно знает о существовании Ультралюдей и имеет свои планы. Синдзи попадает под их контроль, и его жизнь превращается в череду испытаний, где каждый бой — это не только борьба с монстром, но и с собственным телом, которое перестаёт ему подчиняться.
Сюжет быстро выходит за рамки простой борьбы с кайдзю. Синдзи узнаёт, что он не единственный Ультрамен на Земле. Существуют и другие, и каждый преследует свои цели. Некоторые из них — бывшие союзники, ставшие врагами, другие — загадочные существа, чьи мотивы остаются неясными. Главный герой оказывается втянут в сложную политическую игру между людьми из SSSP, которые хотят использовать его как оружие, и инопланетными силами, которые видят в нём угрозу. Параллельно Синдзи пытается разобраться в своём прошлом и понять, кем был его отец — первый Ультрамен. Каждая новая битва раскрывает тёмные тайны организации, стоящей за защитой Земли, и заставляет Синдзи сомневаться в том, на чьей стороне правда. Ему предстоит сделать выбор: остаться пешкой в чужой игре или стать настоящим героем, способным защитить не только людей, но и тех, кого он любит, даже если для этого придётся бросить вызов всей системе.
