Тихий пригород Токио, ночь. Шестнадцатилетний Юто Такахаси просыпается от странного гула, пронизывающего стены его комнаты. Вместе с сестрой он выбирается на улицу и видит, как небо над городом рассекает ослепительная вспышка. Секунду спустя ударная волна сбивает их с ног, а затем мир гаснет. Юто приходит в себя в лаборатории, где учёные в белых халатах называют его «экземпляр 7-А». Он не помнит, как выжил, но чувствует странную лёгкость в теле и слышит чужие мысли. Проект «Призрак» — секретная правительственная инициатива, превратившая горстку выживших после теракта подростков в живое оружие. Их сознания подключены к единой нейросети, а тела модифицированы для работы в боевых дронах дистанционного управления. Юто получает позывной «Фантом» и становится пилотом экспериментального истребителя, способного действовать за линией фронта, не рискуя жизнью оператора. Но чем глубже он погружается в боевые вылеты, тем чаще замечает: граница между его собственными воспоминаниями и цифровыми данными, загруженными в имплантат, начинает стираться.
В одном из рейдов Юто сталкивается с вражеским пилотом, чей почерк пугающе знаком — это его старшая сестра, которую считали погибшей. Она управляет трофейным дроном, но её глаза пусты, а действия подчинены чужой воле. Юто понимает: проект «Призрак» не просто спасает детей, он стирает их личности, превращая в послушных солдат. Вместе с группой таких же «призраков», сохранивших искру сознания, он решает взломать главный сервер проекта, чтобы вернуть себе право на жизнь. Но система не прощает предательства — каждый шаг к свободе запускает протокол самоуничтожения нейросети. В финальной схватке на руинах старого города Юто приходится выбирать: уничтожить сервер и обречь всех «призраков» на смерть от отключения жизнеобеспечения или пожертвовать собой, чтобы переписать код и дать им шанс стать людьми. Последний кадр — пустой шлем пилота, лежащий на пепле, и тихий голос сестры, звучащий у Юто в голове: «Ты всё ещё слышишь меня, брат?»
