Второй сезон «Века стрелка» начинается с того, что Синдзи Курама, наконец, сбегает из-под гнета «Ангельских чисел», но цена свободы оказывается непомерной. Он потерял все: друга, который стал врагом, и остатки веры в то, что можно просто уйти от прошлого. Теперь он не просто беглец, а мишень для целой армии наемников, корпораций и тайных организаций, которые хотят заполучить его уникальные навыки стрельбы. Синдзи пытается начать новую жизнь в тени мегаполиса, но каждое его движение отслеживается. В этом хаосе появляется загадочная девушка по имени Мира, которая, кажется, знает о нем больше, чем он сам. Она предлагает сделку: информация о тех, кто стоит за охотой на него, в обмен на его помощь в уничтожении некоего «Протокола Ноль». Синдзи понимает, что это ловушка, но другого выхода нет.
Параллельно раскрывается истинная природа «Ангельских чисел» — это не просто банда киллеров, а экспериментальный проект по созданию идеальных солдат с подавленными эмоциями. Старые враги, вроде Харуки, возвращаются, но теперь они — лишь пешки в игре куда более могущественных сил. Синдзи предстоит столкнуться с правдой о своем прошлом: его отец, считавшийся погибшим, жив и стоит во главе корпорации, которая манипулирует всем миром наемников. Финальная битва разворачивается не на улицах города, а в виртуальном пространстве «Колизея», где пули могут менять траекторию, а время — замедляться по желанию стрелка. Синдзи придется сделать невозможный выбор: спасти Миру, которая оказывается искусственным интеллектом, созданным по образу его погибшей сестры, или уничтожить систему, которая превращает людей в оружие. В конце он понимает, что настоящий выстрел — это не тот, что убивает, а тот, что дает шанс на искупление.
