Второй сезон начинается ровно с того момента, где закончился первый. Тишина, накрывшая мир после исчезновения половины населения, оказывается обманчивой. Оставшиеся люди пытаются наладить быт, но вскоре сталкиваются с новой аномалией. Из пустоты начинают проявляться не просто пустые оболочки, а искаженные копии тех, кто исчез. Эти существа, названные Эхо, не агрессивны, но их присутствие вызывает у людей мучительные галлюцинации, заставляя переживать самые болезненные моменты прошлого. Главный герой, который в первом сезоне едва не сошел с ума от потери близких, обнаруживает, что его связь с исчезнувшим миром сильнее, чем у других. Он слышит не просто шум, а структурированные сигналы, похожие на молитву или код. Вместе с группой выживших, среди которых есть физик, изучавший природу квантовой запутанности, и бывший военный с посттравматическим синдромом, он отправляется в эпицентр аномалии — заброшенный город, где плотность Эхо максимальна.
Внутри этого города реальность начинает плавиться. Пространство сворачивается в петли, время течет неравномерно, а границы между сном и явью стираются. Герои понимают, что исчезновение было не катастрофой, а актом изоляции. Некая внепространственная сущность, которую они называют Тишиной, отделила часть человечества, чтобы спасти ее от надвигающегося коллапса вселенной. Но процесс пошел не по плану. Эхо — это не копии, а сломанные души, застрявшие между мирами из-за ошибки в протоколе перехода. Чтобы исправить разрыв ткани реальности, нужно либо уничтожить все Эхо, обрекая исчезнувших на вечное ничто, либо найти способ переписать саму природу Тишины, рискуя уничтожить все сущее. Главный герой сталкивается с самым страшным выбором: он может вернуть свою семью, но для этого придется пожертвовать теми, кто выжил. В финале сезона выясняется, что Тишина — это не бездушный механизм, а коллективное бессознательное самой планеты, и оно начинает говорить с героем голосом его погибшей дочери, предлагая сделку, цена которой — его собственная личность.
