Третий сезон «Моей геройской академии» начинается с того, что Изуку Мидория и его друзья из класса 1-A отправляются в летний лагерь для усиления своих причуд. Тренировки под руководством профессиональных героев идут полным ходом, но идиллия рушится в одно мгновение. Лига злодеев, ведомая харизматичным и опасным Шигараки, устраивает дерзкое нападение прямо в лесу. Их цель — не просто хаос, а похищение Кацуки Бакуго, чья взрывная причуда и неукротимый дух привлекли внимание таинственного Альянса. В ходе отчаянной обороны ученики и учителя демонстрируют всё, чему научились, но злодеям удается утащить Бакуго в свое логово. Этот инцидент становится точкой невозврата: герои понимают, что враг стал действовать наглее и организованнее, а сами ученики впервые сталкиваются с настоящей, не учебной угрозой, которая бьет по самому дорогому — по их товарищу.
Второй акт сезона превращается в полномасштабную спасательную операцию. Пока общество героев лихорадочно ищет убежище Лиги, Изуку, Тодороки и другие одноклассники решают действовать самостоятельно, нарушая приказы старших. Они проникают в логово врага, где сталкиваются с новыми, пугающими членами Лиги, включая неуязвимого Мускулятора и загадочного Мистера Компресса. В это же время Бакуго, запертый в плену, переживает внутренний кризис: его гордость и вера в собственную силу дают трещину, когда он слышит планы злодеев по его вербовке. Кульминацией становится яростная битва Изуку против Мускулятора, где он вынужден выйти за пределы своих возможностей, чтобы спасти друга. Финал сезона подводит черту под подростковым этапом героев: после успешного возвращения Бакуго начинается экзамен на временные лицензии, где ученики сталкиваются с бюрократией и несправедливостью системы. Но главный удар ждет впереди — Всесильный, символ мира и наставник Изуку, теряет остатки своей причуды в решающей схватке с Все За Одного, оставляя мир без своего главного защитника и передавая эстафету новому поколению.