Прошло три года после того, как экипаж «Ямато» ценой невероятных жертв спас Землю от радиационного заражения. Казалось бы, мир восстановлен, но в космосе назревает новая угроза. Таинственная инопланетная цивилизация Гаталантис, обладающая технологией, способной искажать само пространство-время, начинает стремительное наступление на Землю. Их оружие — не просто корабли, а «волны пространства», которые стирают целые флоты в пыль. Человечество, ослабленное прошлой войной, оказывается на грани полного уничтожения. В этот критический момент, вопреки приказам высшего командования, Судзуму Кодо и его товарищи решают вновь поднять в небо легендарный линкор. «Ямато» модернизирован, но его главное оружие — «Волновой двигатель» — всё ещё несёт в себе загадочную энергию, способную как созидать, так и разрушать. Экипаж отправляется в самое сердце вражеской территории, не зная, что их ждёт ловушка, завязанная на древней тайне происхождения самой жизни во Вселенной.
В этом походе старые раны дают о себе знать. Кодо разрывается между долгом капитана и чувствами к Юки Мори, которая хранит секрет, способный перевернуть всё их понимание войны. Гаталантис оказывается не просто агрессорами — они следуют жестокой философии «очищения», считая, что любовь и привязанность ведут лишь к страданиям и хаосу. Их лидер, Замс, видит в людях ошибку эволюции. «Ямато» сталкивается с невероятно мощными кораблями, временными парадоксами и жертвами, которые ставят под сомнение саму цель их миссии. Смогут ли люди доказать, что их чувства — не слабость, а величайшая сила, способная противостоять абсолютному нигилизму? Или же галактика будет очищена от «несовершенных» форм жизни, оставив лишь холодный вакуум? Ответ кроется в финальной битве, где «Ямато» должен стать не просто оружием, а символом надежды, способной преодолеть само время.
