Серебряная душа снова в огне. Кабаки-тё, этот вечно шумный и грязный район Эдо, накрывает тенью не просто очередной межгалактический кризис, а нечто более личное и гнилое. После событий с аркой Синего Сёгуна и битвой на Ракую, мир в городе держится на честном слове и разболтанных винтах «Ёродзуя». Но старые раны не заживают, они лишь ждут момента, чтобы вскрыться. В шестом сезоне Гинтоки Саката сталкивается с призраками своего прошлого, которые материализуются в виде новой, безжалостной организации, использующей технологии Амато и древние ритуалы. Эта группа, называющая себя «Когти Белого Демона», охотится не за властью, а за наследием самого Гинтоки, стремясь вырвать из него ту самую «душу», что позволяет ему оставаться человеком, несмотря на всю грязь. Параллельно с этим, Кагура начинает терять контроль над своей силой, а Синпати сталкивается с моральным выбором, когда его кумир, легендарный самурай из прошлого, оказывается по ту сторону баррикад. Всё это происходит на фоне того, что Хасегава Тайдзо внезапно становится мэром Кабаки-тё, а Хидзиката вступает в тайный сговор с бывшими врагами, чтобы спасти Тоширо от проклятия, которое медленно превращает его в демона.
Война переходит на улицы, и старые союзники становятся врагами. Гинтоки вынужден объединиться с самыми неожиданными фигурами: от Такэси Кондо, который теряет свой пост из-за политических интриг, до безумного учёного, который когда-то создал Бенидзакуру. Каждый шаг в этом сезоне — это проверка на прочность. Гинтоки больше не может полагаться только на деревянный меч и остроумие; ему приходится буквально вырывать свои старые боевые навыки из глубин подсознания, чтобы защитить тех, кто ему дорог. Кульминацией становится битва на руинах старого храма, где прошлое Гинтоки встречается с настоящим в лице его бывшего учителя, который, как считалось, погиб двадцать лет назад. Этот учитель, ослеплённый идеей «чистого самурайского пути», пытается стереть всё, что построил Гинтоки, включая саму концепцию «Ёродзуя». В финальных сериях, когда Кабаки-тё оказывается на грани уничтожения из-за активированного древнего артефакта, Гинтоки делает невозможный выбор: он жертвует своей памятью, чтобы спасти город, стирая все воспоминания о своих друзьях и о самом себе. Последняя сцена сезона — это пустой взгляд сереброволосого самурая, сидящего на крыше, в то время как Кагура и Синпати, не узнавая его, проходят мимо, оставляя зрителя в мучительном ожидании того, сможет ли душа Гинтоки вернуться из небытия.
