Второй сезон «Шоколада Купидона» начинается с того, что Рёко Харуно наконец-то осознаёт: её шоколадные конфеты, которые она раздаёт одноклассникам, действительно работают. Но вместо радости это приносит хаос. Одна из её подруг, съев конфету с намерением признаться в любви, случайно влюбляет в себя сразу трёх парней, и теперь девушка не знает, как разрулить эту любовную липучку. Рёко пытается исправить ситуацию, но её магия даёт сбои: конфеты начинают действовать непредсказуемо, заставляя людей влюбляться в неодушевлённые предметы или даже в собственных врагов. Вдобавок в школе появляется загадочный новичок — парень, который, кажется, знает о секрете Рёко больше, чем она сама. Он утверждает, что её шоколад — не просто сладости, а древний артефакт, и если Рёко не научится контролировать свою силу, последствия будут катастрофическими.
Параллельно Рёко пытается разобраться в собственных чувствах. Она всё ещё не уверена, нравится ли ей её друг детства или же её сердце тянется к тому самому таинственному новичку. Но когда на школьном фестивале её конфеты случайно попадают к учителям и директору, начинается настоящий переполох: педагоги начинают вести себя как влюблённые подростки, а директор объявляет, что женится на школьной статуе. Рёко понимает, что её магия вышла из-под контроля, и теперь ей придётся объединиться с новичком, чтобы найти способ откатить последствия. В процессе она узнаёт, что её шоколад — это дар, переданный по наследству от её бабушки, которая когда-то была настоящей богиней любви. Но дар имеет цену: если Рёко не сможет искренне полюбить кого-то сама, её сила начнёт разрушать её саму. Теперь ей предстоит не только спасти школу от любовного безумия, но и понять, что настоящая любовь не требует магии — она требует смелости быть уязвимой.
