Третий сезон застает мир спустя год после событий, которые раскололи общество на два непримиримых лагеря. Технология наноядер, обещавшая человечеству бессмертие и абсолютную адаптацию к любой среде, вышла из-под контроля. Вместо утопии она породила новую расу — киборгов, чье сознание постепенно стирается, уступая место коллективному разуму сети. Главный герой, который в прошлом сезоне едва не пожертвовал собой, чтобы остановить лавину мутаций, теперь вынужден скрываться. Он — носитель уникального штамма наночастиц, способного не только разрушать, но и восстанавливать биологическую ткань. Но его тело становится полем битвы: каждое использование силы приближает момент, когда он перестанет быть человеком. Параллельно правительство, потерявшее контроль над ситуацией, запускает проект «Чистый лист» — тотальную зачистку всех зон заражения, не разбирая, где враг, а где выжившие.
В центре повествования — гонка на выживание среди руин мегаполисов, превращенных в джунгли из органического металла. Старые союзники становятся врагами, когда выясняется, что некоторые из них уже давно подключены к сети и действуют по ее приказу. Герой встречает девочку, которая не помнит своего прошлого, но ее кровь содержит ключ к созданию вакцины. Вместе они пробиваются к легендарному «Нулевому узлу» — месту, где была создана первая наночастица. По пути раскрывается правда: катастрофа не была случайностью. Кто-то намеренно спровоцировал сбой, чтобы запустить процесс эволюции, где выживут только те, кто сможет слиться с машиной. Финал сезона ставит героя перед невозможным выбором: уничтожить сеть и обречь миллионы киборгов на смерть или позволить ей поглотить последние островки человечности, надеясь, что новый вид сможет построить лучший мир.
