Второй сезон «Чёрного клевера» начинается с того, что Аста и его отряд «Чёрные быки» возвращаются после разрушения подземелья ведьм. Казалось бы, можно выдохнуть, но Королевство Клевер оказывается на пороге войны. Магическая империя Бриз, скрывавшаяся за своей стеной, наконец-то решает нанести удар. В то время как рыцари-маги готовятся к обороне, Аста сталкивается с новой проблемой: его антимагия начинает вести себя странно, а в его гримуаре просыпается нечто, что напрямую связано с демонами. Параллельно Ями Сукехиро, капитан Чёрных быков, получает тайный приказ от императора — найти и уничтожить источник зла, который угрожает не только Клеверу, но и всему континенту. Это путешествие заставляет команду разделиться: пока одни защищают столицу от армии Бриз, другие отправляются в запретные земли, где время течёт иначе.
Вторая половина сезона резко меняет тон. Вместо турниров и тренировок герои попадают в ловушку под названием «Тень прошлого». Выясняется, что за нападением Бриз стоят не просто амбициозные маги, а древний культ, поклоняющийся демонам. Аста встречает своего главного врага — Лихта, который оказывается не просто злодеем, а трагической фигурой, потерявшей всё из-за проклятия. В финальных эпизодах напряжение достигает пика: Ями вступает в бой с одним из демонов, используя свою тёмную магию на пределе возможностей, а Аста, чтобы спасти друзей, вынужден заключить сделку с демоном внутри своего гримуара. Цена этой сделки — часть его человечности. Сезон заканчивается на клиффхэнгере: Королевство Клевер лежит в руинах, капитан Чёрных быков исчезает в портале, а Аста остаётся один на один с армией монстров, понимая, что настоящая битва только начинается.
