Эй, президент Трап! — это школьная романтическая комедия, где всё начинается с подозрения и заканчивается водоворотом недоразумений. Обычный старшеклассник по имени Такуми однажды замечает, что его харизматичный и популярный президент студсовета, Аой, ведёт себя странно. У неё есть секрет, который она тщательно скрывает: на самом деле Аой — парень, вынужденный носить женскую школьную форму из-за давнего обещания, данного бабушке. Такуми случайно раскрывает эту тайну, и теперь он становится единственным, кто знает правду. Вместо того чтобы разоблачить президента, парень решает помочь ему сохранить секрет, но с каждым днём их вынужденное партнёрство превращается в нечто большее. Аой, привыкший к роли идеальной девушки, начинает показывать свой настоящий характер — дерзкий, упрямый и немного неуклюжий, что только сильнее притягивает Такуми. Ситуация осложняется тем, что за Аой продолжают увиваться парни, а сама школьная администрация начинает подозревать неладное.
Постепенно их отношения перерастают в запутанный танец намёков и неловких моментов. Такуми осознаёт, что его чувства к Аой выходят за рамки дружеской поддержки, но признаться в этом мешает страх разрушить хрупкое равновесие. Аой, в свою очередь, боится, что если правда выплывет наружу, он потеряет не только пост президента, но и единственного человека, который принял его таким, какой он есть. Вокруг них кипит школьная жизнь: шумные фестивали, ревнивые соперники и комичные попытки скрыть очевидное. Каждая серия добавляет новую порцию неловкости — то случайный поцелуй, то внезапный визит родителей, то угроза разоблачения со стороны подозрительной вице-президента. В финале героям предстоит сделать выбор: продолжать жить во лжи или рискнуть всем ради настоящих чувств, доказав, что любовь не зависит от того, в какой форме ты ходишь в школу.