Второй сезон застает отряд Молодой императорской гвардии в шатком равновесии. После раскрытия заговора, едва не стоившего трона юной императрице Айко, её верные стражи — подростки из знатных родов — получили официальное признание, но вместе с ним и новую волну врагов. Императорский двор, привыкший к интригам, не может смириться с тем, что группа неопытных юнцов имеет прямой доступ к правительнице. Пока гвардейцы пытаются освоить сложные протоколы и политические манёвры, в столице начинают происходить странные убийства. Жертвы — бывшие чиновники, поддерживавшие старый режим, а на местах преступлений находят гербовую печать, принадлежащую, по слухам, давно исчезнувшей теневой фракции «Чёрный лотос». Айко, чувствуя, что за этими смертями стоит попытка дестабилизировать её правление, приказывает гвардии провести тайное расследование, не привлекая внимание взрослых советников.
Параллельно обостряются отношения внутри самого отряда. Лидер гвардии, Кадзуки, вынужден балансировать между долгом и чувствами к императрице, в то время как его заместитель, холодная и расчётливая Рэйко, начинает подозревать, что среди своих есть предатель. Расследование заводит героев в запретные архивы и подземелья дворца, где они находят свидетельства того, что «Чёрный лотос» не просто политическая оппозиция, а культ, стремящийся воскресить древнего духа, запечатанного под троном. Когда одна из гвардейцев, тихая целительница Мэй, попадает под воздействие тёмной реликвии и едва не убивает Айко, отряд понимает: враг не снаружи, а внутри системы, и доверять нельзя никому. В финале сезона гвардия, потеряв одного бойца, устраивает засаду в тронном зале, но истинный лидер культа оказывается тем, кого никто не ожидал — ближайшим советником императрицы, который всё это время манипулировал даже самой Айко, чтобы вернуть эпоху абсолютной монархии.
