Второй сезон «Классикалоида» начинается с того, что мир уже привык к сосуществованию с музыкантами-гуманоидами, но напряжение между людьми и «маэстро» только нарастает. После событий первого сезона Моцарт и Сальери, наконец, нашли хрупкое равновесие в своей дружбе, однако их покой нарушает появление загадочного дирижера, который утверждает, что способен управлять «идеальной гармонией» — энергией, питающей всех Классикалоидов. Этот дирижер собирает вокруг себя группу недовольных маэстро, убеждая их, что люди лишь эксплуатируют их талант, и предлагает создать новый мир, где музыка будет существовать без слушателей. Параллельно в городе начинают исчезать люди, чьи эмоции были особенно сильны, и выясняется, что дирижер использует их чувства как топливо для своего разрушительного инструмента — «Симфонии забвения». Моцарт, чувствуя, что его веселая и импульсивная натура больше не помогает, впервые сталкивается с творческим кризисом, а Сальери, пытаясь защитить друга, оказывается втянут в опасную игру с собственными демонами прошлого.
В то время как Бетховен пытается силой остановить дирижера, а Шопен и Лист спорят о природе искусства, Моцарт и Сальери отправляются в путешествие по воспоминаниям других композиторов, чтобы найти источник силы, способный противостоять «Симфонии забвения». Они узнают, что дирижер — это не человек и не маэстро, а сбой в системе, порожденный страхом людей потерять контроль над музыкой. Кульминация сезона разворачивается в заброшенном оперном театре, где дирижер пытается стереть все мелодии из реальности, заменив их тишиной. Моцарт, осознав, что его гениальность не в идеальном звуке, а в способности ошибаться и чувствовать, создает хаотичную, но живую композицию, которая ломает «идеальную гармонию» дирижера. Сальери жертвует своей репутацией, чтобы спасти людей, и в финале оба композитора понимают: настоящая музыка рождается не из совершенства, а из диалога между творцом и слушателем. Мир восстанавливается, но теперь люди и маэстро смотрят друг на друга иначе, зная, что гармония — это не статичное состояние, а вечный поиск баланса.