Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие в 2120 год, спустя восемь лет после событий второго сезона. Система Сивилла продолжает управлять обществом, но её хватка ослабевает, а трещины в идеальном порядке становятся всё заметнее. Главные герои — новые инспекторы Первого отдела по борьбе с преступностью: Арата Шиндо, потомок легендарного Сагаямы, и Кей Михаил Игнатов, бывший беженец из зоны боевых действий. Они расследуют серию загадочных убийств, жертвами которых становятся беженцы, и быстро понимают, что преступления связаны с тайной организацией «Буревестник». В отличие от предыдущих частей, где упор делался на психологию преступников и работу энфорсеров, третий сезон фокусируется на политических интригах и глобальном заговоре. Арата, обладающий уникальной способностью чувствовать «цвет» преступного замысла, и Кей, чьё прошлое окутано тайной, вынуждены действовать в условиях, когда даже Сивилла не может гарантировать справедливость. Их расследование приводит к столкновению с коррумпированными чиновниками, военными группировками и теневой структурой, которая манипулирует системой изнутри.
Параллельно с этим сюжет раскрывает судьбы старых персонажей. Нобутика Гиноза, бывший инспектор, теперь работает в отделе по надзору за беженцами и пытается найти баланс между долгом и человечностью. Аканэ Цунэмори, чьё местонахождение долгое время оставалось неизвестным, появляется в ключевой момент, чтобы передать Арате и Кею информацию, способную разрушить Сивиллу. Главный антагонист сезона — загадочный лидер «Буревестника», который использует беженцев как пешек в своей игре, стремясь не свергнуть систему, а заставить её эволюционировать. Кульминация сезона раскрывает шокирующую правду: «Буревестник» — это не просто террористическая ячейка, а эксперимент по созданию новой формы правосудия, где преступников судят не по коэффициенту преступности, а по их реальным действиям. Финал оставляет множество вопросов: Арата и Кей принимают решение, которое ставит под угрозу всю систему, а зритель понимает, что четвёртый сезон будет посвящён уже не просто поимке преступников, а полной перестройке мира, где психопаспорт больше не является единственным мерилом человеческой ценности.
