Действие разворачивается в 2117 году, за два года до событий первого сезона. В токийской секции Бюро общественной безопасности назревает кризис: система «Сивилла» даёт сбой, не в силах адекватно оценить уровень преступности у людей, переживших тяжёлую психическую травму. Инспектор Мика Симоцуки получает задание проверить бывшего элитного блюстителя Саку Ацуси, который после гибели напарницы впал в глубокую депрессию и теперь живёт в изоляции. Его коэффициент преступности колеблется на опасной границе, но система не выносит окончательного вердикта. Параллельно в городе происходит серия жестоких убийств: жертв находят с выколотыми глазами и странными символами, вырезанными на теле. Расследование выводит Симоцуки на закрытый медицинский проект, где в обход «Сивиллы» пытались лечить посттравматический синдром у бывших блюстителей. Один из пациентов, гениальный нейрохирург Рё Яманака, исчез из клиники сразу после смерти своей дочери, и теперь его поиски становятся делом чести для всего отдела.
Симоцуки вынуждена работать в паре с Ацуси, чьё состояние ухудшается с каждым днём. Он видит в убийствах отражение собственной вины и начинает действовать на грани фола, игнорируя приказы. Их противостояние с Яманакой превращается в психологическую дуэль: врач не просто убивает, он ставит жертвам диагнозы, заставляя их пережить момент травмы заново, прежде чем оборвать жизнь. Ацуси узнаёт в почерке преступника методы той самой экспериментальной терапии, которую проходил сам. Финальная схватка происходит в заброшенном госпитале, где Яманака, используя нейроинтерфейс, пытается заставить Ацуси заново пережить смерть напарницы, чтобы доказать, что «Сивилла» — лишь иллюзия контроля. Ацуси, понимая, что его разум больше не принадлежит системе, принимает решение, которое шокирует даже видавшую виды Симоцуки: он отключает собственный доминатор, позволяя преступнику нанести смертельный удар, но перед этим активирует взрывчатку, уничтожая все записи экспериментов. Бюро списывает всё на несчастный случай, а Симоцуки остаётся с горьким осознанием, что правосудие системы и человеческая справедливость — вещи несовместимые.
