После событий первого сезона мир изменился, но не стал безопаснее. Кайдзю, порождённые человеческими страхами и техногенными катастрофами, появляются всё чаще, и их атаки становятся более изощрёнными. Отряд девушек-кайдзю, теперь уже признанный официальным подразделением, вынужден работать на износ. Юна, Каната и остальные сталкиваются с новой угрозой — кайдзю, способными подавлять волю людей и обращать их в своих марионеток. В городе начинают пропадать люди, а те, кто возвращается, не помнят ничего, кроме странного гула в голове. Расследование приводит девушек к заброшенному научному комплексу, где когда-то проводились эксперименты по слиянию человеческого сознания с биомассой кайдзю. Там они находят выжившего учёного, который утверждает, что может контролировать монстров, но его истинные намерения оказываются куда мрачнее: он хочет создать идеального гибрида человека и кайдзю, способного подчинить себе всю планету.
Параллельно с внешней угрозой нарастает внутренний конфликт. Одна из девушек, Тиа, начинает слышать голос внутри себя — это пробуждается её кайдзю-сущность, которая требует выхода и жаждет разрушений. Тиа боится, что в любой момент может потерять контроль и навредить подругам. Она скрывает своё состояние, но с каждым днём сдерживать монстра внутри становится всё труднее. Когда учёный похищает Тию, чтобы использовать её как идеальный сосуд для своего эксперимента, остальным приходится объединиться с бывшими врагами и даже с некоторыми кайдзю, которые оказываются разумными. Финальная битва разворачивается не только на улицах разрушенного города, но и в сознании Тии, где ей предстоит сделать выбор: принять свою тёмную половину или навсегда её подавить. Цена ошибки — превращение в бездушное оружие, способное уничтожить всё, что ей дорого.
